Nasceu em Lisboa, Portugal, no ano de 1647. Seu pai, Salvador Pereira de Brito; sua mãe, D. Brites Pereira. No ano de 1640, seu pai foi enviado pelo rei Dom João IV para ser governador no Brasil, lugar onde faleceu. São João de Brito, com sua mãe e seus irmãos, ficaram na corte. Desde cedo, São João dava testemunho da busca de viver em Deus.
Com sua saúde fragilizada, certa vez os médicos chegaram a perder as esperanças, mas sua mãe, voltando-se para o céu em oração e intercessão, fez também uma promessa a São Francisco Xavier e o pequeno João recobrou a saúde milagrosamente.
São João passou um ano com uma batina, pois isso fazia parte do cumprimento da promessa; mais do que isso, Deus foi trabalhando a vocação em seu coração até que, com 15 anos apenas, ele entrou para a Companhia de Jesus.
Em 1673, foi ordenado sacerdote e enviado para evangelizar na Índia. Viveu em Goa, depois no Sul da Índia, onde aprofundou-se nos estudos e todo aquele lugar, toda aquela região conheceu o ardor deste apóstolo.
Homem que comunicava o Evangelho com a vida, ele buscava viver a inculturação para que muitos se rendessem ao amor de Deus num diálogo constante com as culturas, o que não quer dizer que sempre encontrou acolhimento.
Junto aos povos de Maravá, ele evangelizou e muitos foram batizados; mas, ao retornar desta missão, ele e outros catequistas acabaram sendo presos por soldados pagãos e anticristãos e fizeram de tudo para que este sacerdote santo renunciasse a fé, mas ele renunciou a própria vida e estava aberto para o martírio se fosse preciso. O rei chegou a condená-lo, mas um príncipe quis ouvir a doutrina que ele espalhava e muitos mudavam de vida, abandonavam os deuses e a conclusão daquele príncipe pagão era de que aquela doutrina era justa e santa. São João foi libertado junto com os outros.
Não demorou muito, por obediência, voltou para Portugal, mas o seu coração queria, de novo, retornar para a Índia e até mesmo ser mártir. Foi o que aconteceu.
Passado um tempo, após dar seu testemunho em vários colégios dos jesuítas, ser sinal para Portugal do quanto o amor a Cristo e à Igreja não pode ter medidas. Retornando à Índia, novamente evangelizando em Maravá, foi preso. Desta vez, até um príncipe pagão chegou a se converter. Mas o rei se revoltou, mandou prender aquele padre. No ano de 1693, ele foi degolado. Sofreu muito antes disso, mas tudo ofereceu por amor a Cristo e pela salvação das almas.
São João de Brito, modelo para todos nós de que o amor a Cristo, à Igreja e a salvação das almas não pode ter medidas.